一、增值税的基本概念

首先需要明确的是，无论是6%还是13%，都属于增值税的范畴。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，提供加工修理修配劳务、销售无形资产或者不动产，税率为13%；而销售货物或进口货物，税率为9%。

二、软件定制开发适用税率

对于软件定制开发业务而言，《国家税务总局关于深入实施西部大开发战略有关税收政策问题的公告》（2012年第46号）明确指出：对销售自行开发的无形资产，凡属于提供“应税服务”的，按6%征收增值税。这里所说的“应税服务”，是指为客户提供软件定制开发服务。

然而，根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），自2016年5月1日起，在全国范围内开展营业税改征增值税试点工作。其中明确指出：纳税人提供信息技术服务等业务适用9%的税率。

三、实际操作中的差异

以北京某知名IT企业为例，其为客户提供的一套定制化软件开发服务中，由于项目规模较大且涉及多项技术改造与升级，因此在实际报税过程中，选择了适用9%的税率。然而，在某些小型或个体开发者那里，则可能直接按照6%的标准进行申报。

需要注意的是，上述情况并非固定不变，具体还需结合当地税务机关的要求和指导来进行操作。

四、总结与建议

综上所述，软件定制开发业务适用的增值税税率通常为9%，但在实际操作中也可能根据具体情况调整至6%。因此，在进行相关申报时，务必仔细核对最新政策文件，并咨询专业人士的意见。