一、什么是增值税？
VAT（Value-Added Tax）即增值税，是一种流转税制。它基于商品和服务的增值部分来征税。
二、软件开发行业适用哪种税率？
6%：适用于小规模纳税人或某些特定服务；
13%：适用于一般纳税人的销售货物。
对于软件开发公司而言，通常属于现代服务业的范畴，应当按照6%的税率来缴纳增值税。
三、如何选择适用税率？
作为小规模纳税人，可以选择简易计税方法，即征收率为3%，但年销售额需低于500万元；
若企业达到一般纳税人的标准（年销售额超过500万元），则应按照6%的税率进行申报。
四、实际案例分析
假设一家软件开发公司，其主要业务是为企业提供定制化的系统集成服务。根据最新的税收政策，这类企业可以申请成为一般纳税人，并按6%的税率缴纳增值税。
五、总结
综上所述，在中国境内从事软件定制开发的企业应当按照6%的税率来缴纳增值税，除非有特殊情况，否则不会适用13%的税率。准确判断并选择合适的税收方案有助于企业合法合规地经营发展。